Çiğ yumurtalar Salmonella ve E. coli gibi zararlı bakterilerle kirlenmiş olabilir. Bu bakteriler, kusma, ishal, karın ağrısı ve ateş gibi semptomlara yol açabilen gıda zehirlenmesine neden olabilir. Çiğ süt aynı zamanda Listeria monocytogenes gibi hamile kadınlar, yeni doğanlar ve bağışıklık sistemi zayıf kişiler için ölümcül olabilen ciddi bir enfeksiyon olan listeriosise neden olabilen zararlı bakterilerle de kirlenmiş olabilir. Ek olarak, çiğ yumurtalarda bulunan avidin biyotin emilimini engelleyebileceğinden, yüksek miktarda çiğ yumurta alımı biyotin eksikliği riski oluşturabilir.