Bakteriler:
* Firmalar :*Lactobacillus*, *Ruminococcus* ve *Clostridium* gibi faydalı türler de dahil olmak üzere kalın bağırsaktaki baskın bakteriler.
* Bakteroitler :Karmaşık karbonhidratların parçalanmasında ve fermantasyon süreçlerinde yer alan bir diğer önemli bakteri grubu.
* Proteobakteriler :*Escherichia coli* gibi bazı potansiyel patojenik bakterileri içeren çeşitli bir grup.
* Aktinobakteriler :Liflerin parçalanması ve biyoaktif bileşiklerin üretilmesiyle ilgilenen küçük bir grup.
Arkea:
* Metanojenler :Bu mikroorganizmalar metabolizmalarının yan ürünü olarak metan gazı üretirler. Bağırsakların gıdanın belirli bileşenlerini parçalama yeteneğinde rol oynarlar.
Virüsler:
* Bakteriyofajlar :Bakteri hücrelerini spesifik olarak enfekte eden ve çoğalan virüsler. Bakteri popülasyonlarını etkilerler ve mikrobiyal dengenin korunmasında etkileri vardır.
Mantarlar:
* Mayalar :*Saccharomyces cerevisiae* gibi faydalı maya türleri küçük miktarlarda mevcut olabilir. Candida türleri bağırsakta da bulunabilir ancak aşırı büyümeleri halinde sorun yaratabilir.
Protistler:
* Protozoa :*Entamoeba* ve *Giardia* gibi tek hücreli organizmalar mevcut olabilir; bunlardan bazıları ortaklaşa hareket ederken diğerleri bağırsak enfeksiyonlarına neden olabilir.
Bağırsak mikrobiyota kompozisyonunun diyet, genetik, çevresel maruziyet ve tıbbi koşullar gibi faktörler nedeniyle bireyler arasında önemli ölçüde değişebileceğini belirtmekte fayda var. Çeşitli ve dengeli bir bağırsak mikrobiyotasının sürdürülmesi genellikle sindirim, besin emilimi, bağışıklık sistemi işlevi ve zararlı patojenlere karşı koruma dahil olmak üzere çeşitli sağlık yararlarıyla ilişkilidir. Disbiyoz olarak bilinen bu dengenin bozulması çeşitli hastalık ve durumlarla ilişkilendirilmiştir.