Bağırsak ameliyatı, yapılan ameliyatın türüne bağlı olarak bir ila altı saat arasında sürebilir. Örneğin, basit bir kolonoskopi yalnızca bir saat kadar sürebilirken, kolektomi gibi daha karmaşık bir ameliyat birkaç saat sürebilir. Ameliyatın uzunluğu aynı zamanda hastanın genel sağlık durumu ve ameliyatın kapsamı gibi bireysel koşullarına da bağlı olacaktır.