Crohn hastalığının bulunduğu kromozomlar üzerinde spesifik bir yer yoktur. Crohn hastalığı, çoklu genetik varyasyonlar ve çevresel faktörler arasındaki etkileşimlerden kaynaklanan karmaşık bir genetik hastalıktır. Crohn hastalığıyla ilişkili çeşitli genetik varyantlar tanımlanmış olsa da, bunlar farklı kromozomlara dağılmış durumdadır.