Beyin apsesi varlığında, lomber ponksiyon sırasında BOS'un çıkarılması, omurilik kanalındaki basıncı hızla azaltabilir. Bu ani basınç değişikliği beyin dokusunda kaymaya neden olarak fıtıklaşmaya yol açabilir. Fıtıklaşma, beyin dokusunun, beynin omuriliğe bağlandığı foramen magnum gibi kafatasındaki doğal bir açıklıktan sıkıştırılmasıyla meydana gelir.
Beyin fıtığı tıbbi bir acil durumdur ve koma, kalıcı nörolojik bozukluklar ve hatta ölüm gibi ciddi sonuçlara yol açabilir. Bu nedenle, bu potansiyel komplikasyondan kaçınmak için, beyin apsesi şüphesi olan veya doğrulanan hastalarda lomber ponksiyon kontrendikedir.