Kwashiorkor sıklıkla çocuğun anne sütünden kesilip proteinden fakir bir beslenme düzenine geçmesiyle ortaya çıkar. En önemli nedeni et, kümes hayvanları, balık, yumurta ve süt gibi yüksek kaliteli protein kaynaklarının eksikliğidir.
Her ne kadar birincil neden protein eksikliği olsa da enfeksiyonlar ve yetersiz temizlik gibi faktörlerin durumu daha da kötüleştirebileceğini unutmamak önemlidir.