Bir mutasyon amino asit dizisinde bir değişikliğe yol açmıyorsa sessiz mutasyon olarak bilinir ve protein üzerinde herhangi bir etkisi olmaz. Bu, mutasyon kodonu değiştirmediğinde veya kodonu aynı amino asidi kodlayacak bir kodona değiştirdiğinde ortaya çıkabilir.
Ayrıca, intronlar veya genler arası bölgeler gibi kodlamayan bölgelerdeki mutasyonların zararlı olma olasılığı daha düşüktür çünkü bu bölgeler, protein sentezi veya düzenlemesinde doğrudan yer almamaktadır.