Antijen, bağışıklık sisteminin yabancı veya potansiyel olarak zararlı olarak tanıdığı bir moleküldür. Bir antijen vücuda girdiğinde, bağışıklık sistemi, antijene bağlanabilen ve onu yok edebilen antikorlar ve diğer bağışıklık hücreleri üreterek yanıt verir. Bu sürece bağışıklık tepkisi denir.
İki tür antijen vardır:eksojen ve endojen. Ekzojen antijenler bakteri, virüs ve polen gibi vücudun dışından gelen moleküllerdir. Endojen antijenler, kanser hücreleri ve otoimmün hastalıklarla ilişkili proteinler gibi vücutta üretilen moleküllerdir.
Hem eksojen hem de endojen antijenler bir bağışıklık tepkisini tetikleyebilir. Ancak tetiklenen bağışıklık tepkisinin türü, antijenin türüne ve bağışıklık sisteminin durumuna bağlı olacaktır.