Genellikle antikorlar, hücre içi antijenleri bağlamak için konakçı hücreye nüfuz etmez. Bunun nedeni, antikorların seçici olarak geçirgen bir bariyer olan hücre zarından geçemeyecek kadar büyük olmasıdır. Antikorlar, antijenleri yalnızca konakçı hücrenin hücre yüzeyinde veya hücre dışı alanda bağlayabilir. Ancak bu kuralın bazı istisnaları vardır.
Örneğin, anti-HIV antikoru gibi bazı antikorlar, hücre yüzeyindeki spesifik bir reseptöre bağlanarak ve daha sonra hücre içine taşınarak konakçı hücreye girebilir. Antikor hücrenin içine girdikten sonra hücre içi antijenlere bağlanabilir ve enfekte olmuş hücrelerin yok edilmesine yardımcı olabilir. Ayrıca bazı durumlarda antikorlar, endositoz veya fagositoz gibi mekanizmalar yoluyla hücreler tarafından içselleştirilerek hücre içi antijenlere erişmelerine olanak sağlanabilir.
Ek olarak bazı antikorlar, ekzositoz veya hücre ölümü yoluyla salınanlar gibi konakçı hücreden salınan antijenlere de bağlanabilir. Bu durumda antikor, hücre dışı boşluktaki antijene bağlanabilir ve enfekte olmuş hücrenin yok edilmesine yardımcı olabilir.