Panendoskopi sırasında üst sindirim sistemi, küçük bir kamera ve ışık kaynağıyla donatılmış, gastroskop adı verilen esnek bir tüp kullanılarak incelenir. Bu alet ağızdan sokularak yemek borusu, mide ve duodenuma (ince bağırsağın ilk kısmı) ilerletilir. Gastroskop, bu organların iç astarının ayrıntılı bir şekilde görüntülenmesine ve ülser, iltihaplanma veya tümör gibi anormalliklerin veya durumların tanımlanmasına olanak tanır.
Üst endoskopi tamamlandıktan sonra işlemin kolonoskopi kısmı gerçekleştirilir. Bu, kolonoskop adı verilen esnek bir tüpün rektuma yerleştirilmesini ve kolondan (kalın bağırsak) ilerletilmesini içerir. Kolonoskop, kolonun iç astarının incelenmesine olanak tanıyan benzer bir kamera ve ışık kaynağı ile donatılmıştır. Kolonoskopi sırasında polipler (anormal büyümeler), divertiküller (kolondaki küçük keseler) veya iltihap veya kanama alanları belirlenip değerlendirilebilir.
Panendoskopi, sindirim sisteminin kapsamlı bir görsel değerlendirmesini sağlayarak üst ve alt yolları etkileyen çeşitli durumların tespitine ve teşhisine olanak tanır. Karın ağrısı, kalıcı mide yanması, yutma güçlüğü, açıklanamayan kilo kaybı veya mide-bağırsak sorunları öyküsü gibi semptomların araştırılmasında ve tedavisinde yaygın olarak kullanılır. Panendoskopi ayrıca yemek borusu, mide ve kolorektal kanser gibi durumların taranması ve gözetiminde de önemli bir rol oynar.
İşlem genellikle hastanın konforunu sağlamak ve rahatsızlığı azaltmak için hafif sedasyon altında gerçekleştirilir. Genellikle sindirim sisteminin tamamının incelenmesinde güvenli ve etkili bir yöntem olarak kabul edilir ve iki önemli işlemi tek bir muayenede birleştirme avantajı sunar.