Kanserin evresi: Kanserin evresi ne kadar erken olursa prognoz da o kadar iyi olur. Lokalize özofagus kanseri (yemek borusu ile sınırlı) olan hastalar için beş yıllık hayatta kalma oranı yaklaşık %70 iken, bölgesel özofagus kanseri (yakındaki lenf düğümlerine yayılmış) olan hastalar için beş yıllık sağkalım oranı yaklaşık %35'tir. Uzak yemek borusu kanseri (vücudun diğer bölgelerine yayılmış) olan hastaların beş yıllık hayatta kalma oranı %5'ten azdır.
Yaş ve genel sağlık durumu: Daha genç ve daha sağlıklı olan hastalar, yaşlı hastalara veya diğer tıbbi rahatsızlıklara sahip olanlara göre daha iyi bir prognoza sahip olma eğilimindedir.
Tedavi türü: Yemek borusu kanseri için önerilen tedavi türü, kanserin evresine ve hastanın genel sağlık durumuna bağlıdır. Tedavi seçenekleri arasında ameliyat, kemoterapi, radyasyon tedavisi, hedefe yönelik tedavi ve immünoterapi yer alabilir. Tedavi alan hastaların prognozu genellikle tedavi almayan hastaların prognozundan daha iyidir.
Genel olarak özofagus kanserinin prognozu hala kötüdür ancak yeni tedavi seçeneklerinin geliştirilmesiyle bu durum iyileşmektedir.