Bağırsak rezeksiyonu sırasında cerrah karın bölgesinde bir kesi yapacak ve bağırsağın etkilenen kısmını çıkaracaktır. Bağırsakların geri kalan bölümleri daha sonra yeniden bağlanacaktır. Bazı durumlarda kolostomi veya ileostomi gerekli olabilir. Kolostomi, kolonda dışkının stomadan vücuttan dışarı çıkmasına izin veren bir açıklıktır. İleostomi, ileumda dışkının stomadan vücuttan dışarı çıkmasına izin veren bir açıklıktır.
Bağırsak rezeksiyonu büyük bir ameliyattır ve hastaların genellikle işlemden sonra birkaç gün hastanede kalması gerekir. İyileşme süresi kişiye göre değişebilir ancak çoğu kişi birkaç hafta içinde normal aktivitelerine dönebilir.