MDU'daki BOD'un tam şekli Yönetim Kurulu'dur. Yönetim Kurulu, üniversitenin en yüksek karar alma organıdır ve üniversitenin genel yönetim ve yönetiminden sorumludur. Yönetim Kurulu, Şansölye, Rektör Yardımcısı, Rektör Yardımcısı, fakülte dekanları, bölüm başkanları, öğrenci topluluğu temsilcileri ve halktan oluşur. Yönetim Kurulu aynı zamanda üniversitenin akademik politikalarının ve stratejik yönünün şekillendirilmesinde de önemli bir rol oynamaktadır.