1. Lizojeni: Virüs DNA'sı, konakçı hücrenin genomu içinde uykuda kalır ve yeni virüs üretmez. Konakçı hücre normal şekilde çalışabilir ve herhangi bir enfeksiyon belirtisi göstermeyebilir.
2. Hücre Dönüşümü: Viral DNA'nın konakçı hücrenin genomuna entegrasyonu, hücrenin gen ifadesini ve davranışını değiştirebilir. Bu, hücrenin metabolizmasında, büyümesinde ve farklılaşmasında değişikliklere yol açabilir. Bazı durumlarda hücre kanserleşebilir.
3. Profaj İndüksiyonu: UV ışığına veya diğer stres etkenlerine maruz kalma gibi belirli koşullar altında, profajın lizojenik döngüden çıkıp litik döngüye girmesi uyarılabilir. Bu, yeni virüslerin üretilmesine ve konakçı hücrenin parçalanmasına (yok edilmesine) yol açabilir.
4. Süper Enfeksiyona Karşı Bağışıklık: Konakçı hücrenin genomunda bir profajın varlığı, diğer ilgili virüslerin neden olduğu süper enfeksiyona karşı bağışıklık sağlayabilir. Bunun nedeni, konakçı hücrenin zaten viral DNA'nın bir kopyasına sahip olmasıdır, dolayısıyla yeni virüs, DNA'sını entegre edemez ve yeni bir enfeksiyon oluşturamaz.
Bir virüsün lizojenik döngüdeki spesifik etkileri, virüsün türüne ve konakçı organizmaya bağlı olacaktır.