Ensefalitik aşamada merkezi sinir sistemini içeren inflamatuar bir yanıt vardır. Virüsün sinir dokusuna ve beyindeki nörotransmiter reseptörlerine karşı bir afinitesi olduğu biliniyor; bu da inflamasyonun ve bunun sonucunda ortaya çıkan hastalığın klinik belirtilerinin bir nedeni olabilir.
Hidrofobi veya sudan kaçınma, insan sinir sisteminin tehlikeye girdiğinin bir işaretidir. Enfekte kişi sıklıkla boğaz ve solunum yollarındaki yoğun kas spazmları nedeniyle yutma güçlüğü yaşar. Bu spazmlar, su içmeye çalışmak gibi uyaranlara tepki olarak ortaya çıkar; bu nedenle hidrofobi (su korkusu) gibi görünürken gerçekte herhangi bir şeyi yutmaya karşı bir refleks tepkidir.