Hipotiroidizmin üç yaygın nedeni vardır. Hashimoto tiroiditi, vücudun bağışıklık sisteminin yanlışlıkla kendi tiroid bezine saldırdığı kronik bir otoimmün durumdur. Graves hastalığı, tiroid bezinin iltihaplanmasına neden olan ve bazen tedavi sonrasında veya kendiliğinden hipotiroidizme dönüşebilen başka bir otoimmün hastalıktır. Doğum sonrası tiroidit, doğumdan birkaç ay önce veya sonra ortaya çıkan sonuncusudur ve genellikle birkaç ay veya yıl içinde kendi kendine düzelse de bazen ömür boyu tedavi gerektiren kalıcı hipotiroidizme ilerleyebilir.