Besinlerin enzimler tarafından parçalanması olan kimyasal sindirim, ağız boşluğunda tükürük amilazının nişastalar üzerindeki etkisi ile başlar. Yiyecek mideye ulaştığında hidroklorik asit ve pepsin enzimi içeren mide suyuyla karşılaşır. Hidroklorik asit, mikroorganizmaları öldüren ve proteinleri denatüre eden, onları enzimatik parçalanmaya daha duyarlı hale getiren asidik bir ortam yaratır. Aspartik bir proteaz olan Pepsin, proteinleri daha küçük peptitlere parçalayarak protein sindirimini başlatır.