Endojen enfeksiyonların örnekleri şunları içerir:
* *Normalde mide-bağırsak sisteminde bulunan *Escherichia coli* gibi bakterilerin neden olduğu idrar yolu enfeksiyonları.
* *Normalde ciltte yaşayan bakterilerin (örn. Staphylococcus aureus) neden olduğu deri ve yumuşak doku enfeksiyonları*.
* *Bağışıklık sistemi zayıf olan kişilerde meydana gelen fırsatçı enfeksiyonlar*. Bu enfeksiyonlara tipik olarak *Candida albicans* veya *Aspergillus fumigatus* gibi vücudun normal florasının bir parçası olan mikroorganizmalar neden olur.
Endojen enfeksiyonlar, özellikle bağışıklık sistemi zayıf olan veya altta yatan tıbbi rahatsızlıkları olan kişilerde tehlikeli olabilir. Ciddi komplikasyonları önlemek için endojen enfeksiyonların erken teşhis edilmesi ve tedavi edilmesi önemlidir.