19. yüzyılın sonlarında, Hong Kong'da bir veba salgını sırasında Yersin, hastalığı incelemek üzere gönderilen bir ekibin parçasıydı. Orada Fransız bakteriyolog Paul-Louis Simond ile yakın çalıştı.
Bir Çin tapınağında kurulan derme çatma laboratuvarda çalışan Yersin, vebadan sorumlu olan ve Bacillus pestis adını verdiği bakteriyi başarıyla izole etti. Ayrıca pirenin bulaşmadaki rolünü de gösterdi. Yersin'in bulguları hastalığın anlaşılmasında ve tedavisinde devrim yarattı ve aşı ve antibiyotiklerin geliştirilmesine zemin hazırladı.