Lokalize kemik kanseri için (kemikle sınırlı olan ve vücudun diğer bölgelerine yayılmayan kanser), prognoz genellikle metastatik kemik kanserinden (vücudun diğer bölgelerine yayılmış kanser) daha iyidir. Lokalize kemik kanserinde beş yıllık hayatta kalma oranı yaklaşık %65 iken metastatik kemik kanserinde beş yıllık hayatta kalma oranı yaklaşık %30'dur.
Kemik kanserinin türü de prognozu etkiler. Kemik kanserinin en yaygın türü olan osteosarkom, diğer bir yaygın kemik kanseri türü olan Ewing sarkomundan daha iyi prognoza sahiptir.
Yaş da prognozu etkileyebilecek bir faktördür. Çocuklar ve ergenler yetişkinlere göre daha iyi prognoza sahip olma eğilimindedir.
Genel olarak, kemik kanserinin prognozu son yıllarda cerrahi, kemoterapi ve radyasyon terapisini de içeren tedavideki ilerlemeler nedeniyle önemli ölçüde iyileşti. Ancak kemik kanseri tekrarlama riski yüksek olan ciddi bir hastalık olmaya devam etmektedir.