ABPA tipik olarak değişen alevlenme ve remisyon periyotlarıyla kronik, tekrarlayan bir seyir izler. ABPA'lı hastaların prognozu genellikle olumludur. Hastaların çoğunluğu sistemik kortikosteroid tedavisine iyi yanıt verir ve uzun süreli remisyon elde edilebilir. Bununla birlikte, bazı hastalarda tekrarlayan alevlenmeler yaşanabilir veya kronik akciğer hasarı gelişebilir, bu da zamanla akciğer fonksiyonunda azalmaya yol açabilir. Nadir durumlarda ABPA, akciğer nakli gerektiren son dönem akciğer hastalığına ve solunum yetmezliğine ilerleyebilir.