El, ayak, ağız hastalığına bakteriler değil virüsler neden olur. Spesifik olarak, bir enterovirüs türü olan coxsackievirus'un çeşitli suşlarından kaynaklanır. Bu virüsler vücuda ağız veya solunum yolu yoluyla girer ve daha sonra mide-bağırsak sistemi ve boğazda çoğalır. Enfeksiyon tipik olarak zaten enfekte olan biriyle yakın temas yoluyla, genellikle tükürük gibi vücut sıvıları veya el ve ayaklardaki kabarcıklardan çıkan sıvı yoluyla yayılır.