ERGD sırasında endoskop adı verilen ince, esnek bir tüp ağızdan sokulur ve yemek borusu, mide ve duodenuma ilerletilir. Endoskopun ucunda, doktorun bu organların iç yüzeyini görselleştirmesine ve herhangi bir anormalliği tespit etmesine olanak tanıyan bir kamera ve ışık kaynağı bulunur. Gerekirse, doktor endoskopu doku örnekleri (biyopsi) almak veya poliplerin veya meme bezlerinin alınması gibi terapötik müdahaleler gerçekleştirmek için kullanabilir.
ERGD genellikle ayaktan tedavi bazında gerçekleştirilir ve hastalar genellikle işlem sırasında minimum düzeyde rahatsızlık hissederler. Güvenli ve etkili bir teşhis ve tedavi aracı olarak kabul edilir, ancak herhangi bir tıbbi prosedürde olduğu gibi, ERGD ile ilişkili küçük kanama, enfeksiyon veya incelenen organların delinmesi gibi bazı riskler ve potansiyel komplikasyonlar vardır. Bu nedenle, işleme başlamadan önce ERGD'nin yararlarını ve risklerini bir doktorla tartışmak önemlidir.