Protokoller genellikle prosedürlerden daha geneldir. Atılması gereken adımlara ilişkin geniş bir genel bakış sağlarlar ancak her adımın nasıl gerçekleştirileceğine ilişkin spesifik ayrıntılar sağlayamayabilirler. Öte yandan prosedürler daha spesifik ve ayrıntılıdır. Bir görevin nasıl yerine getirileceğine ilişkin adım adım talimatlar sağlarlar ve ayrıca ihtiyaç duyulan malzeme ve ekipmana ilişkin bilgileri de içerebilirler.
Protokoller genellikle bir sürecin genel akışını tanımlamak için kullanılırken prosedürler, bir görevin gerçekleştirilmesinde yer alan belirli adımları açıklamak için kullanılır. Örneğin, bilimsel bir deney için bir protokol, deneyin gerçekleştirilmesiyle ilgili adımların ana hatlarını çizebilir, ancak her adımın nasıl gerçekleştirileceğine ilişkin ayrıntılı talimatlar sağlamaz. Öte yandan, cerrahi bir işlemin gerçekleştirilmesine yönelik bir prosedür, gerekli alet ve malzemeler de dahil olmak üzere, prosedürün her adımına ilişkin ayrıntılı talimatlar sağlayacaktır.
Protokoller genellikle prosedürlerden daha katıdır. Atılması gereken adımları tam olarak belirtebilirler ve herhangi bir değişikliğe izin vermeyebilirler. Öte yandan prosedürler genellikle daha esnektir ve spesifik duruma uyarlanabilir.
Protokoller genellikle uzmanlar tarafından geliştirilirken prosedürler gerekli bilgi ve deneyime sahip herkes tarafından geliştirilebilir. Bunun nedeni, protokollerin genellikle bilimsel araştırma ve kanıtlara dayanması, prosedürlerin ise pratik deneyim ve bilgiye dayanabilmesidir.
Protokoller genellikle sağlık hizmetleri ve üretim gibi, güvenliği ve uyumluluğu sağlamak için belirli prosedürlerin takip edilmesinin önemli olduğu düzenlemeye tabi ortamlarda kullanılır. Öte yandan prosedürler, bir görevin nasıl yerine getirileceğine ilişkin açık ve tutarlı talimatlara sahip olmanın önemli olduğu her ortamda kullanılabilir.
Genel olarak protokoller daha genel ve katıdır, prosedürler ise daha spesifik ve esnektir. Protokoller genellikle uzmanlar tarafından geliştirilirken prosedürler gerekli bilgi ve deneyime sahip herkes tarafından geliştirilebilir. Protokoller sıklıkla düzenlenmiş ortamlarda kullanılırken prosedürler, bir görevin nasıl yerine getirileceğine ilişkin açık ve tutarlı talimatlara sahip olmanın önemli olduğu herhangi bir ortamda kullanılabilir.