Freud, fobilerin çoğunlukla çocukluk deneyimlerinden kaynaklandığına ve bunların travmatik olaylarla veya uygun şekilde çözülmemiş durumlarla ilişkili olabileceğine inanıyordu. Örneğin çocukluğunda bir köpeğin saldırısına uğrayan bir kişi, yetişkinliğinde köpek fobisi geliştirebilir.
Freud ayrıca fobilerin genellikle bilinçli zihin tarafından kabul edilemeyen bilinçdışı arzuların veya dürtülerin bir tezahürü olduğuna inanıyordu. Örneğin yükseklik korkusu olan biri aslında kendi gücünden ya da özgürlüğünden korkuyor olabilir.