Büyük Londra Yangını aslında veba üzerinde olumsuz bir etki yarattı. Yangın, enfekte olmuş binaların çoğunu yok etti ve enfekte insanların çoğunu öldürdü, ancak aynı zamanda vebanın yayılması için ideal koşulları da yarattı. Yangından sağ kurtulan evsizler aşırı kalabalık ve sağlıksız koşullarda yaşamak zorunda kaldılar, bu da onları hastalığa karşı daha duyarlı hale getirdi. Ayrıca yangın şehrin altyapısını da bozarak yiyecek ve su dağıtımını ve hastalığın yayılmasının kontrol altına alınmasını zorlaştırdı. Sonuç olarak veba, yangından sonra birkaç ay boyunca Londra'da yayılmaya devam etti.