Bazı durumlarda mantarlar çıplak gözle görülebilmektedir. Mantarlar, kurtçuklar ve raf mantarları gibi daha büyük mantarlar, büyütme yapılmadan kolayca görülebilir. Ancak birçok mantar mikroskobiktir ve gözlemlenmesi için mikroskop gerekir. Bunlar arasında mayalar, küfler ve birçok bitki patojeni türü bulunur.