TATA Kutusu: TATA kutusu, transkripsiyon başlangıç bölgesinin yukarısında -25 ila -35 baz çifti civarında yer alan kritik bir DNA dizi elemanıdır. Bazal transkripsiyon mekanizmasının bir parçası olan transkripsiyon faktörü II D (TFIID) için bir bağlanma bölgesi görevi görür. Güçlü bir promotör tipik olarak bir konsensüs TATA kutusu dizisi (TATAAA) içerir, bu da TFIID'nin etkili bir şekilde bağlanmasını ve ardından ön başlatma kompleksinin birleştirilmesini sağlar. TATA kutusunun varyasyonları veya yokluğu promotörü zayıflatabilir.
Transkripsiyon Faktörü Bağlama Siteleri: Promoterler, spesifik DNA sekanslarına bağlanarak gen ekspresyonunu düzenleyen proteinler olan çeşitli transkripsiyon faktörleri için bağlanma bölgeleri içerir. Anahtar transkripsiyon faktörleri için çoklu ve yüksek afiniteli bağlanma bölgelerinin varlığı, özellikle bazal ve indüklenebilir gen ekspresyonunda rol oynayanlar, promoter gücüne katkıda bulunur. Bu bağlanma bölgelerinin düzeni ve yakınlığı da bunların işbirliğini etkileyebilir ve promoter aktivitesini arttırabilir.
Promoter Mimarisi: Destekleyici bölgenin genel mimarisi ve organizasyonu, gücünde rol oynar. TATA kutusu ile transkripsiyon başlangıç bölgesi arasındaki optimum aralık (tipik olarak yaklaşık 25-30 baz çifti), verimli promotör işlevi için çok önemlidir. Ek olarak, destekleyiciler, susturucular veya yukarı akış aktive edici diziler (UAS) gibi destekleyici içindeki diğer düzenleyici elemanların varlığı, destekleyicinin gücünü modüle edebilir.
DNA Metilasyonu: Özellikle promoter bölgesindeki CpG dinükleotidlerindeki DNA metilasyonu, transkripsiyon faktörlerinin bağlanmasını engelleyerek ve başlangıç öncesi kompleksin oluşumunu önleyerek gen ekspresyonunu baskılayabilir. Promotörün hipermetilasyonu gen susturulması ile ilişkilidir, hipometilasyon ise sıklıkla artan promotör aktivitesi ile ilişkilidir.
Transkripsiyon Faktörü Kullanılabilirliği: Promotörü bağlamak için mevcut olan transkripsiyon faktörlerinin bolluğu ve aktivitesi de onun gücünü etkiler. Translasyon sonrası modifikasyonlar, hücre altı lokalizasyon ve diğer düzenleyici proteinlerle etkileşimler gibi faktörler, transkripsiyon faktörlerinin promotörle etkili bir şekilde etkileşime girme ve gen ekspresyonunu yönlendirme yeteneğini etkileyebilir.
Kromatin Yapısı: Promotörü çevreleyen kromatin yapısı, onun transkripsiyon faktörlerine ve transkripsiyon mekanizmasına erişilebilirliğini etkiler. Daha az yoğunlaşmış ve daha erişilebilir olan ökromatin, promoter aktivitesini kolaylaştırırken, yüksek derecede yoğunlaşmış ve daha az erişilebilir olan heterokromatin, promoterleri etkisiz hale getirebilir.
Promoter gücünü belirleyen faktörlerin anlaşılması, araştırmacıların biyoteknoloji, sentetik biyoloji ve genetik mühendisliği uygulamalarında arzu edilen gen ekspresyon seviyeleri için promotörleri manipüle etmelerine ve tasarlamalarına olanak tanır.