Amino asitlerin parçalanmasından kaynaklanan nitrojen, ürejenez süreci yoluyla öncelikle karaciğerde üreye dönüştürülür. Üre daha sonra böbreklere taşınır ve idrarla atılır. Karaciğer önemli miktarda nitrojen depolamaz. Proteinler parçalandıktan sonra amino asitlerin karbon iskeletleri enerjiye dönüştürülür veya başka metabolik amaçlar için kullanılır, nitrojen atomları ise üre olarak açığa çıkar.