Trombektomi sırasında küçük bir kesi yapılır ve ucunda küçük bir kamera (kateter) bulunan ince, esnek bir tüp kan damarına yerleştirilir. Bu, doktorun kan pıhtısının yerini görmesini sağlar. Kan pıhtısı bulunduğunda doktor onu çıkarmak için balon, lazer veya stent gibi çeşitli aletler kullanabilir. Diğer bir prosedür ise pıhtıdaki inaktif plazminojeni etkili bir pıhtı çözücü madde olan plazmin enzimine dönüştürerek pıhtıyı çözen trombolitik ilaçların kullanılmasıdır. Bazı trombolitikler arasında alteplaz (Aktivaz), streptokinaz (Streptaz) ve ürokinaz (Abbokinaz) bulunur.
Trombektomi ciddi bir tıbbi prosedürdür ancak çoğu zaman başarılıdır ve hem kan pıhtılarından kaynaklanan akut semptomların hem de uzun vadeli komplikasyonların çözülmesine yardımcı olabilir.