2. CRISPR-Cas Sistemleri: Bunlar birçok bakteri ve arkelerde bulunan karmaşık bağışıklık sistemleridir. Önceki faj karşılaşmaları için uyarlanabilir hafıza bankaları gibi işlev görürler. CRISPR-Cas sistemleri, karşılaşılan fajların genetik dizisine uyan kısa RNA molekülleri üretebilmektedir. Bu RNA'lar, Cas proteinlerine, söz konusu spesifik diziyi taşıyan gelecekteki faj DNA'sını tam olarak hedeflemesi ve yok etmesi için rehberlik eder.
3. Abortif Enfeksiyon (Abi) Sistemleri: Bazı bakteriler Abi sistemlerini hızlı tepki veren bir savunma mekanizması olarak kullanır. Bir faj kendi DNA'sını enjekte ettiğinde Abi, bakteri hücresi içinde hızlı bir kendi kendini yok etme programını tetikler ve faj çoğalması başlamadan enfeksiyonu durdurur. Bu strateji, yeni nesil fajların oluşmasını önleyerek enfeksiyon döngüsünü etkili bir şekilde kısaltır.