1. Toksinler: Bazı patojenik organizmalar, hücrelere ve dokulara zarar verebilecek zararlı maddeler olan toksinler üretir. Toksinlerin iltihaplanma, doku tahribatı ve organ yetmezliğine neden olmak gibi çeşitli etkileri olabilir. Örneğin Clostridium perfringens bakterisinin ürettiği toksin doku ölümü ve amputasyona yol açabilecek ciddi bir enfeksiyon olan gazlı kangrene neden olur.
2. İstilacı büyüme: Bazı patojenik organizmalar, konakçı dokuların içinde büyüyüp çoğalarak istila edebilir ve onlara zarar verebilir. Bu iltihaplanma, doku hasarı ve organ yetmezliğine yol açabilir. Örneğin bakterisi Staphylococcus aureus** cildi istila edebilir ve çıban, apse ve selülit gibi çeşitli enfeksiyonlara neden olabilir.