Hastalığa neden olan mikroorganizmaya patojen denir. Patojenler bakteri, virüs, mantar veya parazit olabilir. Hücrelere zarar vererek, toksin üreterek veya bir bağışıklık tepkisini tetikleyerek hastalığa neden olabilirler. Bazı yaygın patojenler şunları içerir:
- Bakteriler:Salmonella, E. coli, Staphylococcus aureus, Streptococcus pneumoniae
- Virüsler:Grip virüsü, HIV, hepatit virüsü, kızamık virüsü
- Mantarlar:Candida albicans, Aspergillus fumigatus
- Parazitler:Sıtma paraziti, kancalı kurt, tenya