Beyin üzerindeki doğrudan etkiler: Bazı hastalıklar beyni doğrudan etkileyerek düşünce ve davranışlarda değişikliklere neden olabilir. Bu genellikle Alzheimer hastalığı, Parkinson hastalığı ve multipl skleroz gibi nörodejeneratif hastalıklarda görülür; burada beyin hücrelerine verilen hasar hafıza, dikkat, muhakeme ve karar verme ile ilgili sorunlara yol açabilir.
İnflamasyon: Kronik inflamasyon aynı zamanda beyin fonksiyonlarını ve düşünmeyi de etkileyebilir. Bunun nedeni, iltihaplanmanın, beyni çevreleyen ve zararlı maddeleri dışarıda tutmaya yardımcı olan koruyucu bir tabaka olan kan-beyin bariyerine zarar verebilmesidir. Kan-beyin bariyeri hasar gördüğünde, iltihap moleküllerinin beyne girmesine ve beyin hücrelerine zarar vermesine neden olabilir. Bu, düşünme, hafıza ve ruh hali ile ilgili sorunlara yol açabilir.
Bağışıklık sistemi tepkisi: Bağışıklık sisteminin enfeksiyona veya hastalığa tepkisi de düşünceyi ve davranışı etkileyebilir. Bunun nedeni, bağışıklık sisteminin kimyasal haberciler olan sitokinleri salmasının beyin fonksiyonlarını etkileyebilmesidir. Sitokinler ruh hali, uyku ve iştahta değişikliklere neden olabilir ve aynı zamanda düşünme ve konsantrasyon sorunlarına da yol açabilir.
İlaç yan etkileri: Hastalıkları tedavi etmek için kullanılan bazı ilaçların düşünce ve davranışı etkileyen yan etkileri de olabilir. Bu özellikle antidepresanlar ve antipsikotikler gibi psikiyatrik bozuklukları tedavi etmek için kullanılan ilaçlar için geçerlidir. Bu ilaçlar beyindeki nörotransmiter seviyeleri üzerindeki etkilerinin bir sonucu olarak ruh halinde, düşüncede ve davranışta değişikliklere neden olabilir.
Psikolojik etkiler: Hastalığın aynı zamanda düşünceyi ve davranışı etkileyen psikolojik bir etkisi de olabilir. Ciddi bir hastalıkla uğraşmanın getirdiği stres kaygıya, depresyona ve diğer duygusal sorunlara yol açabilir ve bu da düşünmeyi ve konsantrasyonu etkileyebilir. Hastalıkla birlikte gelebilecek sosyal izolasyon, sosyal etkileşimin eksikliği bilişsel işlevi etkileyebileceğinden düşünme ve hafızayla ilgili sorunlara da yol açabilir.