Bu ilişkinin karmaşıklığının bir nedeni de zekanın çok yönlü bir kavram olmasıdır. Problem çözme, akıl yürütme ve hafıza gibi birçok farklı yeteneği kapsar. Farklı beyin bölgeleri zekanın farklı yönlerinde rol oynar, dolayısıyla bir kişinin beyninin büyüklüğü zekanın mükemmel bir göstergesi değildir.
Bu ilişkinin karmaşıklığının bir diğer nedeni de beyin büyüklüğünün zekayı etkileyen tek faktör olmamasıdır. Genetik, çevre ve eğitim gibi diğer faktörler de rol oynamaktadır.
Sonuç olarak, daha büyük beyinlerin daha yüksek zekayla ilişkilendirilmesine yönelik genel bir eğilim olsa da, bu kuralın pek çok istisnası vardır. Zeka, beyin büyüklüğü, genetik, çevre ve eğitim gibi birçok farklı faktörden etkilenen çok yönlü bir kavramdır.