Toksinler ve atıklar filtrata pasif difüzyonla girebilirken, kan plazmasından, özellikle proksimal konfollü tübülde, böbrek tübüllerindeki bazı hücreler tarafından aktif olarak kan plazmasından filtrata salgılanabilirler. Bu aktif salgı işlemi enerji gerektirir ve tübüler hücrelerin lüminal tarafında bulunan spesifik taşıma proteinlerini içerir. Bu proteinler toksinlere veya atık moleküllere bağlanır ve bunları bir konsantrasyon gradyanına karşı filtrata taşır.
Aktif tübüler sekresyon, pasif süreçler yoluyla etkili bir şekilde filtrelenemeyen çeşitli maddelerin ortadan kaldırılmasında önemli bir rol oynar. İlaçların, metabolitlerin, toksinlerin, ağır metallerin ve vücuttan potasyum, hidrojen ve amonyum iyonları gibi bazı iyonların temizlenmesine yardımcı olur. Bu maddeleri aktif olarak filtrata salgılayarak, böbrekler uygun sıvı ve elektrolit dengesini koruyabilir ve vücut sıvılarının pH'ını düzenleyebilir.