Proteinler midede pepsin adı verilen bir enzim tarafından kısmen parçalanır. Pepsin yüksek asitli ortamda en iyi şekilde çalışır, bu nedenle mide büyük miktarlarda hidroklorik asit üretir. Proteinler kısmen sindirildikten sonra daha fazla sindirim için ince bağırsağa geçerler.