Benzalkonyum klorür, dörtlü bir amonyum bileşiğidir; bu, dört alkil grubunun bağlı olduğu bir nitrojen atomuna sahip olduğu anlamına gelir. Katyonik bir yüzey aktif maddedir, yani pozitif yüke sahiptir. Benzalkonyum klorür, pKa'sı yaklaşık 12 olan zayıf bir bazdır. Bu, daha güçlü bir baza proton bağışlayabileceği, ancak daha zayıf bir asitten proton kabul edemeyeceği anlamına gelir.