Elektron mikroskobu en yaygın yöntemdir. Bu teknik, virüsün ayrıntılı bir görüntüsünü oluşturmak için bir elektron ışını kullanır. Elektron mikroskobu virüsün boyutunu, şeklini ve yüzey özelliklerini ortaya çıkarabilir.
Negatif boyama bakteriyofaj görselleştirmek için kullanılabilecek başka bir tekniktir. Bu teknik, virüsün uranil asetat gibi ağır bir metalle boyanmasını içerir. Ağır metal virüsün yüzeyine bağlanarak açık renkli bir arka planda koyu görünmesini sağlar.
Floresan mikroskopisi bakteriyofajı görmek için de kullanılabilir. Bu teknik, virüsün floresan bir boyayla boyanmasını içerir. Virüs ultraviyole ışıkla aydınlatıldığında boya floresanlaşarak virüsün görünür olmasını sağlar.
Faj gösterimi belirli proteinleri ifade eden bakteriyofajı görselleştirmek için kullanılabilecek bir tekniktir. Bu teknik, ilgilenilen bir proteini kodlayan bir genin, bir bakteriyofaj kaplama proteinini kodlayan bir gene kaynaştırılmasını içerir. Bakteriyofaj eksprese edildiğinde ilgilenilen protein virüsün yüzeyinde görüntülenir. Faj gösterimi, spesifik reseptörler veya ligandlarla etkileşime giren proteinleri tanımlamak için kullanılabilir.
Bakteriyofaj ayrıca karanlık alan mikroskobu kullanılarak da görülebilir. . Bu teknik, mikroskoptan gelen doğrudan ışığı engelleyen bir yoğunlaştırıcı kullanır, böylece yalnızca bakterilerin saçtığı veya yansıttığı ışık görünür. Bu, genellikle çok küçük ve şeffaf olan bakteriyofajın görülmesini kolaylaştırabilir.
Bakteriyofaj ayrıca faz kontrast mikroskobu kullanılarak da görülebilir. . Bu teknik, farklı malzemelerin kırılma indeksindeki farklılıkların görselleştirilmesine olanak tanıyan özel bir yoğunlaştırıcı ve objektif mercek kullanır. Bu, çevredeki ortamdan farklı bir kırılma indisine sahip olan bakteriyofajın görülmesini kolaylaştırabilir.