Sanger dizilimi primer uzatma tekniğini içeren geleneksel bir yöntemdir. Bu yöntemde, DNA sentezini başlatmak için genomun bilinen bir bölgesine tamamlayıcı olan bir primer kullanılır. Reaksiyon, 3ʹ-hidroksil grubuna sahip olmayan dideoksinükleotidler (ddNTP'ler) ile sonlandırılır ve bu, DNA iplikçik uzamasının sona ermesiyle sonuçlanır. Parçalar jel elektroforezi ile ayrılır ve dizi, göç modellerine göre belirlenir.
Yeni nesil sıralama (NGS) Milyonlarca DNA parçasının aynı anda hızlı ve paralel dizilenmesine olanak tanıyan bir dizi yüksek verimli DNA dizileme teknolojisini ifade eder. Illumina'nın HiSeq veya MiSeq platformları gibi NGS yöntemleri, tek bir deneyde büyük miktarda dizi verisi üretir. Bu teknoloji, hızı, doğruluğu ve maliyet etkinliği nedeniyle viral genom dizilimi için yaygın olarak kullanılmaktadır.
Nanogözenek dizilimi virüs genom dizilimi için kullanılabilecek yeni ortaya çıkan bir teknolojidir. Bu yöntem, DNA veya RNA moleküllerinin içinden geçerken iyonik akımdaki değişiklikleri tespit etmek için nanogözeneklerden yararlanır. Nükleik asit zincirindeki her nükleotid, gerçek zamanlı sıralamaya olanak tanıyan benzersiz bir elektrik sinyali üretir.
Viral genom dizisi elde edildikten sonra verileri bir araya getirmek ve analiz etmek için hesaplamalı yöntemler kullanılır. Bu, viral genleri, işlevlerini tanımlamayı ve genetik akrabalığı ve potansiyel kökenleri belirlemek için diziyi bilinen diğer virüslerle karşılaştırmayı içerir.
Virüs genom dizilimi virolojinin çeşitli yönlerinde kritik bir rol oynar:
1. Viral evrim ve epidemiyoloji :Bilim insanları, farklı viral türlerin genom dizilerini karşılaştırarak bunların evrimsel geçmişini izleyebilir, bulaşma modellerini anlayabilir ve salgınların kaynaklarını belirleyebilir.
2. Patogenez ve virülans :Genom dizilimi, viral patojenite, virülans ve konakçı tropizmi ile ilişkili genetik belirleyicilerin belirlenmesine yardımcı olarak viral enfeksiyonların moleküler mekanizmaları hakkında bilgi sağlar.
3. Aşı ve antiviral ilaç geliştirme :Bir virüsün genetik yapısını anlamak, belirli viral bileşenleri hedef alan veya bunların çoğalmasını engelleyen etkili aşılar ve antiviral ilaçlar geliştirmek için çok önemlidir.
4. Teşhis :Genom dizilimi, özellikle mevcut teşhis testlerinin mevcut olmadığı yeni veya ortaya çıkan virüs vakalarında, viral enfeksiyonların hızlı ve doğru teşhisi için kullanılabilir.
5. Halk sağlığı gözetimi :Viral genomların sürveyans programları aracılığıyla sürekli izlenmesi, genetik değişikliklerin erken tespitine, gelişen varyantların izlenmesine ve salgınlar sırasında kontrol önlemlerinin zamanında uygulanmasına olanak tanır.
Özetle, virüs genom dizilimi, virüslerin genetik özellikleri, evrimi ve davranışları hakkında değerli bilgiler sağlayarak teşhis, aşı ve antiviral tedavilerin geliştirilmesine yardımcı olmanın yanı sıra halk sağlığı politikaları ve viral salgınlara hazırlık konusunda bilgi sağlar.