Metronidazol tipik olarak herpes tedavisinde kullanılmaz. Belirli bakteri ve parazit türlerine karşı etkili bir antibiyotiktir ancak antiviral aktivitesi yoktur. Herpes'e bir virüs neden olur, bu nedenle metronidazol etkili bir tedavi olmaz. Herpes tedavisi için özel olarak tasarlanmış antiviral ilaçlar vardır.