Öte yandan bağışıklık sistemi Vücudun enfeksiyonlara, virüslere ve yabancı maddelere karşı korunmasından sorumludur. Zararlı ajanları tanımak, saldırmak ve ortadan kaldırmak için birlikte çalışan çeşitli organları, hücreleri ve molekülleri içerir.
Bu nedenle tiroid bezinin varlığı veya yokluğu bağışıklık sisteminin işleyişini doğrudan etkilemez. Hem tiroid bezi hem de bağışıklık sistemi, genel sağlık ve refahın farklı yönleri için gereklidir.