Mukus Üretimi: Trakea, mukus salgılayan siliyer psödostratifiye kolumnar epitel ile kaplıdır. Mukus, solunum yoluna giren toz, polen, bakteri ve diğer parçacıkları yakalar.
Kilia: Trakeayı kaplayan hücrelerin silia adı verilen küçük saç benzeri çıkıntıları vardır. Bu kirpikler sürekli olarak senkronize dalga benzeri bir hareketle atarak mukusu ve sıkışan parçacıkları yukarıya, farenkse doğru iter.
Öksürük Refleksi: Mukus ve parçacıklar farenkse ulaştığında öksürük refleksini uyarır. Öksürük, mukus ve yabancı maddeleri solunum yolundan dışarı atarak solunum yollarının temizlenmesine ve solunum yolu enfeksiyonlarının önlenmesine yardımcı olur.
Trakeal Halkalar: Trakea, trakeal halkalar olarak bilinen tamamlanmamış kıkırdak halkalardan oluşur. Bu halkalar trakeanın şeklinin ve sertliğinin korunmasına yardımcı olur. Trakeal halkalar çökmeyi önleyerek akciğerlere sürekli hava girişi ve çıkışı sağlar.
Mukosiliyer Yürüyen Merdiven: Mukus üretiminin, kirpiklerin atılmasının ve öksürük refleksinin koordineli hareketine genellikle mukosiliyer yürüyen merdiven denir. Bu savunma mekanizması yabancı parçacıkların, alerjenlerin ve mikroorganizmaların solunum yolundan uzaklaştırılmasında önemli bir rol oynayarak solunum sağlığının korunmasına yardımcı olur.
Genel olarak trakea, mukus tutma yetenekleri, siliyer hareketi, öksürük refleksi ve yapısal desteği sayesinde soluduğumuz havanın temizlenmesine ve alt solunum sisteminin zararlı maddelerden ve potansiyel enfeksiyonlardan korunmasına yardımcı olur.