* Prefrontal korteks: Beynin bu alanı planlama, karar verme ve sosyal etkileşim gibi üst düzey bilişsel işlevlerden sorumludur. Otizmli kişiler sıklıkla bu işlevlerde zorluk yaşarlar.
* Amigdala: Beynin bu alanı duyguların işlenmesiyle ilgilidir. Otizmli kişiler genellikle kendilerindeki ve başkalarındaki duyguları tanımakta ve anlamakta zorluk çekerler.
* Hipokampus: Beynin bu alanı hafıza ve öğrenmeyle ilgilidir. Otizmli kişiler sıklıkla bu işlevlerde zorluk yaşarlar.
* Beyincik: Beynin bu bölgesi motor koordinasyonla ilgilidir. Otizmli kişiler genellikle motor becerilerde zorluk çekerler.
Otizmin beyindeki tek bir anormallikten kaynaklanmadığını belirtmek önemlidir. Aksine, beynin gelişimini ve fonksiyonlarını etkileyen genetik ve çevresel faktörlerin birleşiminden kaynaklandığı düşünülmektedir.