Pfeiffer sendromu nadir görülen bir genetik hastalıktır. Kesin prevalansı bilinmemekle birlikte yaklaşık 100.000'de 1 ila 150.000 canlı doğumda 1 arasında meydana geldiği tahmin edilmektedir. Bu, dünya çapında Pfeiffer sendromlu yalnızca birkaç bin kişinin olduğu anlamına gelir.