İki tür HPV antijeni vardır:
* Erken antijenler: Bu antijenler, virüs yeni viral parçacıklar üretmeden önce, viral yaşam döngüsünün erken aşamalarında eksprese edilir.
* Geç antijenler: Bu antijenler, virüs yeni viral parçacıklar ürettikten sonra viral yaşam döngüsünün son aşamalarında ifade edilir.
HPV antijenleri aşı geliştirmede önemli hedeflerdir. Rahim ağzı kanserine neden olan en yaygın HPV türlerinin neden olduğu enfeksiyonu önleyebilen HPV'ye karşı aşılar şu anda mevcuttur.