HIV'in ters transkriptaz enzimi, diğer birçok DNA/RNA polimerazda bulunan düzeltme mekanizmasından yoksundur. Bu, viral RNA genomunu DNA'ya kopyalarken hatalar yaptığı ve bunun da mutasyonlara yol açtığı anlamına gelir.
Bu mutasyonların virüs üzerinde çeşitli etkileri olabilir:
* Virüsün bağışıklık sisteminden kaçmasına yardımcı olabilirler. Bağışıklık sistemi, virüsleri benzersiz proteinlerine dayanarak tanıyabilir ve onlara saldırabilir. Ancak virüs sürekli mutasyona uğrarsa bağışıklık sistemi buna ayak uyduramaz ve sonunda bunalıma girebilir.
* Virüsün farklı ortamlarda hayatta kalmasına yardımcı olabilirler. HIV vücutta çok çeşitli farklı hücre ve dokuları enfekte edebilir ve hayatta kalabilmek için bu farklı ortamlara uyum sağlayabilmesi gerekir. Mutasyonlar, virüsün proteinlerini farklı hücre tipleriyle daha uyumlu hale getirecek şekilde değiştirerek bunu yapmasına yardımcı olabilir.
*İlaç direncinin gelişmesine katkıda bulunabilirler. HIV, kendisini tedavi etmek için kullanılan ilaçlara karşı dirençli hale gelebilir ve bu dirence genellikle viral genomdaki mutasyonlar neden olur. Bu mutasyonlar, ilaçların hedef aldığı proteinleri değiştirerek onları daha az etkili hale getirebilir.
HIV'in yüksek mutasyon oranı, virüse yönelik etkili tedavilerin geliştirilmesinde büyük bir zorluktur. Ancak bu aynı zamanda virüsün sürekli evrimleştiği anlamına da geliyor ve bu durum, çağın ilerisinde kalabilecek yeni ilaç ve aşıların geliştirilmesi için bir miktar umut sunuyor.