Epidemiyolojik çalışmaların bir diğer zayıflığı da tüm potansiyel önyargıları kontrol etmenin zor olmasıdır. Çalışma tasarımı veya veri toplama süreci bir sonucu diğerine tercih ettiğinde yanlılık ortaya çıkabilir. Örneğin, katılımcıların belirli davranışları veya semptomları bildirme olasılıkları diğerlerinden daha yüksekse, kişisel olarak bildirilen verilere dayanan bir çalışma önyargılı olabilir.
Son olarak epidemiyolojik çalışmaların yürütülmesi zaman alıcı ve pahalı olabilir. Bu, yapılabilecek araştırmaların sayısını sınırlayabilir ve nadir hastalıkların veya durumların incelenmesini zorlaştırabilir.