İndol: İndol, güçlü, dışkı benzeri bir kokuya sahip, heterosiklik aromatik bir organik bileşiktir. Proteinlerde bulunan bir amino asit olan triptofanın parçalanmasıyla üretilir. E. coli, metabolizmasının bir yan ürünü olarak indol üretir ve E. coli kültürlerinin ayırt edici kokusuna katkıda bulunan başlıca maddelerden biridir.
Skatole: Skatole, güçlü bir dışkı kokusuna sahip başka bir heterosiklik aromatik organik bileşiktir. Ayrıca triptofanın parçalanmasıyla da üretilir. Skatole, yüksek seviyelerde triptofan varlığında yetiştirilen E. coli kültürlerinde daha yüksek konsantrasyonlarda mevcuttur.
Hidrojen sülfür: Hidrojen sülfür, güçlü, çürük yumurta kokusuna sahip, renksiz bir gazdır. Büyüme ortamında bulunan sülfat iyonlarının indirgenmesiyle üretilir. E. coli, metabolizmasının bir yan ürünü olarak hidrojen sülfit üretir ve bu, E. coli kültürlerinin hoş olmayan kokusuna katkıda bulunur.
Diğer uçucu organik bileşikler (VOC'ler): E. coli kültürleri, indol, skatol ve hidrojen sülfürün yanı sıra kokularına katkıda bulunan diğer çeşitli VOC'leri de üretebilir. Bu VOC'ler, ekşi veya keskin kokulara sahip olan asetik asit, bütirik asit ve propiyonik asit gibi bileşikleri içerir.
Bir E. coli kültürünün spesifik koku profili, E. coli suşuna, büyüme koşullarına ve diğer mikroorganizmaların varlığına bağlı olarak değişebilir. Ancak yukarıda bahsedilen bileşikler genellikle E. coli kültürlerinin kokusuyla ilişkilendirilir.