Sürekli olarak yenileri keşfedildiğinden patojenlerin kesin sayısı bilinmemektedir. Bakteriler, virüsler, mantarlar ve parazitler de dahil olmak üzere doğal olarak oluşan milyonlarca farklı mikroorganizma türü vardır ve bunların birçoğu insanlarda, hayvanlarda ve bitkilerde hastalıklara neden olur. Tanınan patojenik türlerin sayısı oldukça fazladır ve 217 virüs, 527 bakteri türü, 302 mantar türü ve 397 parazit türü dahil olmak üzere 1.400'den fazla insan patojenini içermektedir.